Como siempre reniego con esto, lo voy a dejar especificado para despues releer.
PHP CodeSniffer, me es sumamente útil para revisar el estandar de codificacion y domumentacion, he probado con el Plugin de http://www.phpsrc.org/ pero evidentemente soy muy inútil y no lo puedo hacer andar bien, reniego y vuelvo a lo básico.
Correr aplicaciones externas desde Eclipse.
1 – Instalar PHP CodeSniffer:
~$ sudo pear install PHP_CodeSniffer
2 – Revisar donde se instalo:
~$ which phpcs ~$ /usr/bin/phpcs
3 – Abrir Eclipse, e ir al menu “Run / External Tools / External Tools Configurations…” y agregar:
Name: PHP CodeSniffer
Location: /usr/bin/phpcs (lo que nos devolvio en el paso 2)
Working directory: /mi-directorio/workspace/
Arguments: –standard=PEAR ${resource_loc}
O el estandar de definamos, y las opciones que querramos.
4 – Apply y Run:
Una vez que corremos, y si todo salió bien, se abrira la consola de Eclipse, con el reporte generado de mi escript. 
, algo similar a esto:
FILE: /var/www/[proyecto]/index.php
--------------------------------------------------------------------------------
FOUND 7 ERROR(S) AFFECTING 4 LINE(S)
--------------------------------------------------------------------------------
1 | ERROR | End of line character is invalid; expected "\n" but found "\r\n"
2 | ERROR | Missing file doc comment
2 | ERROR | "require_once" is a statement not a function; no parentheses are
| | required
7 | ERROR | Expected "if (...) {\n"; found "if(...){\n"
7 | ERROR | There must be a single space between the closing parenthesis and
| | the opening brace of a multi-line IF statement; found 0 spaces
8 | ERROR | Spaces must be used to indent lines; tabs are not allowed
8 | ERROR | Line indented incorrectly; expected at least 4 spaces, found 1
Más información sobre PHP CodeSniffer: http://pear.php.net/manual/en/package.php.php-codesniffer.php
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